系統發生樹（英語：phylogenetic tree），有時簡稱為系統樹，又稱種系發生樹、親緣關係樹，或演化樹（evolutionary tree），是一種表示生物類群、個體、基因或其他對象之間演化關係假說的樹狀圖。研究演化歷史及親緣關係，並發展相應推斷方法和模型的學科稱為系統發生學（phylogenetics）。